Zmeny v zozname referenčných údajov vykonáva úrad podpredsedu vlády v štruktúrovanej podobe a podľa aktuálnej potreby. Návrh na zaradenie registrov do zoznamu referenčných údajov, označenie referenčných údajov, zdrojových registrov, ako aj všetky zmeny s tým súvisiace podáva správca referenčného registra prostredníctvom centrálneho metainformačného systému a úrad podpredsedu vlády o návrhu informuje na ústrednom portáli. Úrad podpredsedu vlády návrh zverejňuje na pripomienkovanie orgánom verejnej moci a iným osobám spôsobom, akým sa zverejňujú návrhy všeobecne záväzných právnych predpisov. Zoznam referenčných údajov úrad podpredsedu vlády sprístupňuje v centrálnom metainformačnom systéme, na ústrednom portáli a na svojom webovom sídle. Zmeny v zozname referenčných údajov sa vykonávajú tak, aby boli účinné najskôr tri mesiace odo dňa predloženia návrhu podľa druhej vety.